Baza wiedzy: Politechnika Warszawska

Ustawienia i Twoje konto

Powrót

Klasyfikator LS-SVM z jądrem kontrastowym do analizy danych łańcuchowych

Jakub Węcławski

Abstract

The paper presents a new string kernel - contrast pattern kernel. The proposed solution uses the concept of contrast patterns, which are patterns common in one class and rare in the another one. By patterns we mean subsequences of constant length that appear in analysed sequences. After thorough description of proposed solution, we present results for LS-SVM classifier with contrast pattern kernel, applied to the task of phosphorylation prediction for proteins. Then the obtained results were compared with those obtained for LS-SVM classifier with spectrum kernel - the solution investigated in bachelor thesis.
Identyfikator pozycji
WUTc8a4252a137b4c10a11d6aee4d947fa3
Rodzaj dyplomu
Praca magisterska
Autor
Jakub Węcławski (WEiTI/ISE) Jakub Węcławski Instytut Systemów Elektronicznych (WEiTI/ISE)Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych (WEiTI)
Tytuł w języku polskim
Klasyfikator LS-SVM z jądrem kontrastowym do analizy danych łańcuchowych
Promotor
Stanisław Jankowski (WEiTI/ISE) Stanisław Jankowski Instytut Systemów Elektronicznych (WEiTI/ISE)Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych (WEiTI)
Jednostka dyplomująca
Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych (WEiTI)
Jednostka prowadząca
Instytut Systemów Elektronicznych (WEiTI/ISE)
Język
(pl) polski
Status pracy
Obroniona
Data (rok) wydania
2012
Identyfikator wewnętrzny
ENSE-R.002404
Słowa kluczowe w języku polskim
Maszyna wektorów nośnych, Wzorce kontrastQwer Jądro łańcuchowe, Jądro widmowe, Jądro kontrastowe, Kinazy białkowe, Sekwencje aminokwasowe, Predykcja reakcji fosforylacji.
Słowa kluczowe w języku angielskim
Support Vector Machine, Contrast Patterns, String Kernel, Spectrum Kernel, Contrast Pattern Kernel, Protein Kinase, Amino acid sequence, Phosphory!ation prediction.
Streszczenie w języku polskim
W pracy przedstawiono nowe jądro dla danych łańcuchowych - jądro kontrastowe. Proponowane rozwiązanie wykorzystuje pojęcie wzorców kontrastowych, czyli wzorców, które pojawiają się często w jednej klasie i rzadko w drugiej. Rolę wzorców pełnią występujące w sekwencjach podciągi o stałej długości. Po przedstawieniu szczegółów proponowanego rozwiązania, zaprezentowano wyniki testów dla klasyfikatora LS-SVM z jądrem kontrastowym, wykorzystanym do zadania predykcji reakcji fosforylacji dla kinaz białkowych. Otrzymane wyniki zostały następnie porównane z wynikami uzyskanymi w pracy inżynierskiej, gdzie do analizy tego samego zbioru danych wykorzystano klasyfikator LS-SVM Z jądrem widmowym.

Jednolity identyfikator zasobu
https://repo.pw.edu.pl/info/master/WUTc8a4252a137b4c10a11d6aee4d947fa3/
URN
urn:pw-repo:WUTc8a4252a137b4c10a11d6aee4d947fa3

Potwierdzenie
Czy jesteś pewien?
Zgłoszenie uwag dotyczących tej strony