Knowledge base: Warsaw University of Technology

Settings and your account

Back

LS-SVM classifier with contrast pattern kernel for strings analysis

Jakub Węcławski

Abstract

The paper presents a new string kernel - contrast pattern kernel. The proposed solution uses the concept of contrast patterns, which are patterns common in one class and rare in the another one. By patterns we mean subsequences of constant length that appear in analysed sequences. After thorough description of proposed solution, we present results for LS-SVM classifier with contrast pattern kernel, applied to the task of phosphorylation prediction for proteins. Then the obtained results were compared with those obtained for LS-SVM classifier with spectrum kernel - the solution investigated in bachelor thesis.
Record ID
WUTc8a4252a137b4c10a11d6aee4d947fa3
Diploma type
Master of Science
Author
Jakub Węcławski (FEIT/PE) Jakub Węcławski,, The Institute of Electronic Systems (FEIT/PE)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Title in Polish
Klasyfikator LS-SVM z jądrem kontrastowym do analizy danych łańcuchowych
Supervisor
Stanisław Jankowski (FEIT/PE) Stanisław Jankowski,, The Institute of Electronic Systems (FEIT/PE)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Certifying unit
Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Affiliation unit
The Institute of Electronic Systems (FEIT/PE)
Language
(pl) Polish
Status
Finished
Issue date (year)
2012
Internal identifier
ENSE-R.002404
Keywords in Polish
Maszyna wektorów nośnych, Wzorce kontrastQwer Jądro łańcuchowe, Jądro widmowe, Jądro kontrastowe, Kinazy białkowe, Sekwencje aminokwasowe, Predykcja reakcji fosforylacji.
Keywords in English
Support Vector Machine, Contrast Patterns, String Kernel, Spectrum Kernel, Contrast Pattern Kernel, Protein Kinase, Amino acid sequence, Phosphory!ation prediction.
Abstract in Polish
W pracy przedstawiono nowe jądro dla danych łańcuchowych - jądro kontrastowe. Proponowane rozwiązanie wykorzystuje pojęcie wzorców kontrastowych, czyli wzorców, które pojawiają się często w jednej klasie i rzadko w drugiej. Rolę wzorców pełnią występujące w sekwencjach podciągi o stałej długości. Po przedstawieniu szczegółów proponowanego rozwiązania, zaprezentowano wyniki testów dla klasyfikatora LS-SVM z jądrem kontrastowym, wykorzystanym do zadania predykcji reakcji fosforylacji dla kinaz białkowych. Otrzymane wyniki zostały następnie porównane z wynikami uzyskanymi w pracy inżynierskiej, gdzie do analizy tego samego zbioru danych wykorzystano klasyfikator LS-SVM Z jądrem widmowym.

Uniform Resource Identifier
https://repo.pw.edu.pl/info/master/WUTc8a4252a137b4c10a11d6aee4d947fa3/
URN
urn:pw-repo:WUTc8a4252a137b4c10a11d6aee4d947fa3

Confirmation
Are you sure?
Report incorrect data on this page