Knowledge base: Warsaw University of Technology

Settings and your account

Back

Automation and optimisation of the preprocessing of anatomical and functional data obtained in the magnetic resonance imaging of the brain

Marcin Michał Sińczuk

Abstract

The aim of this project is to create a program automating the preprocessing of functional magnetic resonance imaging data, basing on the SPM package. The document describes the assumptions of the project, as well as the requirements for the program. The program is to be simple and easy to use; it should be designed so that new functions, such as statistical analysis or support for different modes of data processing, can be added in the future. The next section of the document introduces the basic definitions necessary for understanding the preprocessing. The physical bases of MRI are presented. The chapter contains a theoretical description of preprocessing of fMRI data, including images illustrating the individual stages. The capabilities of the SPM package are also described. The next chapter includes information about the program building process. It describes the programming environment, the coding standards and the factory method process. The program's functions and graphical user interface are presented, complete with descriptions of their functionalities. The chapter also includes manual for users as well as a description of the acceptance tests. The final chapter concerns the manual preliminary data processing using the SPM package, with a detailed description of the functions used by the package and comparison of the results obtained manually and with the use of prepared software.
Diploma type
Engineer's / Bachelor of Science
Diploma type
Engineer's thesis
Author
Marcin Michał Sińczuk (FP) Marcin Michał Sińczuk,, Faculty of Physics (FP)
Title in Polish
Automatyzacja i optymalizacja obróbki danych anatomicznych i funkcjonalnych uzyskanych w badaniu rezonansu magnetycznego mózgu
Supervisor
Krzysztof Petelczyc (FP/OPD) Krzysztof Petelczyc,, Optics and Photonics Division (FP/OPD)Faculty of Physics (FP)
Certifying unit
Faculty of Physics (FP)
Affiliation unit
Optics and Photonics Division (FP/OPD)
Study subject / specialization
, Fizyka Techniczna
Language
(pl) Polish
Status
Finished
Defense Date
01-02-2016
Issue date (year)
2016
Reviewers
Krzysztof Petelczyc (FP/OPD) Krzysztof Petelczyc,, Optics and Photonics Division (FP/OPD)Faculty of Physics (FP) Daniel Kikoła (FP/NPD) Daniel Kikoła,, Nuclear Physics Division (FP/NPD)Faculty of Physics (FP)
Keywords in Polish
wstępna obróbka danych, funkcjonalny rezonans magnetyczny, automatyzacja
Keywords in English
preliminary data processing, functional magnetic resonance imaging, automation
Abstract in Polish
Celem niniejszego projektu było utworzenie programu automatyzującego wstępną obróbkę danych rejestrowanych w badaniach z wykorzystaniem funkcjonalnego rezonansu magnetycznego, w oparciu o algorytmy pakietu SPM. Opisano tu założenia projektu oraz wymagania względem powstającego programu. Ma on być prosty i wygodny w użytkowaniu. Program powinien być napisany w taki sposób, aby na późniejszym etapie można było dodać nowe funkcjonalności, takie jak analiza statystyczna lub wsparcie dla innych rodzajów obróbki. W dalszej części pracy wprowadzone zostały podstawowe definicje potrzebne do zrozumienia zagadnienia obróbki danych. Przedstawione są podstawy fizyczne rezonansu magnetycznego. Opisane są też kolejne etapy wstępnej obróbki danych fMRI. Opisane zostały także możliwości pakietu SPM. Kolejny rozdział zawiera informacje o procesie tworzenia programu. Opisane jest środowisko, w jakim program jest wykonywany, standardy kodowania oraz metoda wytwórcza. Przedstawione są funkcje oraz interfejs graficzny wraz z opisami funkcjonalności, jakie zapewniają. Rozdział zawiera także instrukcje obsługi, a także opis testów akceptacyjnych. Ostatnią częścią jest rozdział o ręcznym przeprowadzeniu wstępnej obróbki danych z pomocą pakietu SPM z dokładnym opisem fizycznym funkcji użytych przez pakiet oraz porównanie otrzymanych wyników z wynikami uzyskanymi przez przygotowane oprogramowanie.
File
  • File: 1
    praca dyplomowa Marcin Sińczuk.pdf
Request a WCAG compliant version
Local fields
Identyfikator pracy APD: 8813

Uniform Resource Identifier
https://repo.pw.edu.pl/info/bachelor/WUTf021864b96d346ffab67b17ce709ad32/
URN
urn:pw-repo:WUTf021864b96d346ffab67b17ce709ad32

Confirmation
Are you sure?
Report incorrect data on this page