Baza wiedzy: Politechnika Warszawska

Ustawienia i Twoje konto

Powrót

Implementacja systemu analizy głębokości pokrycia genomu

Mateusz Karol Wasiak

Abstract

The aim of the work was to design and create a web application for quickly viewing data of coverage depth in the form of charts. The paper presents performance research of various libraries used to visualize data using charts. Based on this research, the fastest library was selected and then used in implementing the application. The architecture of the created application is presented together with a description of the tools and technologies used. Part of the implementation was presented along with program interface of the application. The created application uses SeQuiLa software, which as part of the work has been expanded to include the ability to analyze areas defined in the bed file and optimized for analysis of the depth of coverage for fixed-width windows. The entire application has been designed in a way that allows for easy expansion.
Rodzaj dyplomu
Praca inżynierska / licencjacka
Typ dyplomu
Praca inżynierska
Autor
Mateusz Karol Wasiak (WEiTI/II) Mateusz Karol Wasiak Instytut Informatyki (WEiTI/II)Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych (WEiTI)
Tytuł w języku polskim
Implementacja systemu analizy głębokości pokrycia genomu
Promotor
Tomasz Gambin (WEiTI/II) Tomasz Gambin Instytut Informatyki (WEiTI/II)Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych (WEiTI)
Jednostka dyplomująca
Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych (WEiTI)
Jednostka prowadząca
Instytut Informatyki (WEiTI/II)
Kierunek / specjalność studiów
, Informatyka (Computer Science)
Język
(pl) polski
Status pracy
Obroniona
Data obrony
18-09-2019
Data (rok) wydania
2019
Identyfikator wewnętrzny
103/19 (2696)
Recenzenci
Robert Bembenik (WEiTI/II) Robert Bembenik Instytut Informatyki (WEiTI/II)Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych (WEiTI) Tomasz Gambin (WEiTI/II) Tomasz Gambin Instytut Informatyki (WEiTI/II)Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych (WEiTI)
Słowa kluczowe w języku polskim
Głębokość pokrycia, Wizualizacja, Optymalizacja, Aplikacja internetowa
Słowa kluczowe w języku angielskim
Depth of coverage, Visualization, Optimization, Web application
Streszczenie w języku polskim
Celem pracy było zaprojektowanie i stworzenie aplikacji internetowej do szybkiego przeglądania danych głębokości pokrycia w postaci wykresów. W pracy zostały przedstawione badania wydajnościowe różnych bibliotek wykorzystywanych do wizualizacji danych przy pomocy wykresów. Na podstawie tych badań została wybrana najszybsza biblioteka, a następnie wykorzystana w implementacji aplikacji. Ukazana została architektura stworzonej aplikacji wraz z opisem wykorzystanych narzędzi oraz technologii. Przedstawiona został część implementacji wraz z programowym interfejsem aplikacji. W tworzonej aplikacji zostało wykorzystane oprogramowanie SeQuiLa, które w ramach pracy zostało rozszerzone o możliwość analizy obszarów definiowanych w pliku bed oraz zoptymalizowane pod kątem analizy głębokości pokrycia dla okien o stałej szerokości. Cała aplikacja zaprojektowana została w sposób pozwalający na łatwą rozbudowę.
Plik pracy
  • Plik: 1
    praca_dyp_inż_Mateusz_Wasiak.pdf
Poproś o plik WCAG
Pola lokalne
Identyfikator pracy APD: 35872

Jednolity identyfikator zasobu
https://repo.pw.edu.pl/info/bachelor/WUTe39ac9bb1f8c4663a67759e9b54ff624/
URN
urn:pw-repo:WUTe39ac9bb1f8c4663a67759e9b54ff624

Potwierdzenie
Czy jesteś pewien?
Zgłoszenie uwag dotyczących tej strony