Knowledge base: Warsaw University of Technology

Settings and your account

Back

Implementation of the depth coverage analysis system

Mateusz Karol Wasiak

Abstract

The aim of the work was to design and create a web application for quickly viewing data of coverage depth in the form of charts. The paper presents performance research of various libraries used to visualize data using charts. Based on this research, the fastest library was selected and then used in implementing the application. The architecture of the created application is presented together with a description of the tools and technologies used. Part of the implementation was presented along with program interface of the application. The created application uses SeQuiLa software, which as part of the work has been expanded to include the ability to analyze areas defined in the bed file and optimized for analysis of the depth of coverage for fixed-width windows. The entire application has been designed in a way that allows for easy expansion.
Diploma type
Engineer's / Bachelor of Science
Diploma type
Engineer's thesis
Author
Mateusz Karol Wasiak (FEIT/ICS) Mateusz Karol Wasiak,, The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Title in Polish
Implementacja systemu analizy głębokości pokrycia genomu
Supervisor
Tomasz Gambin (FEIT/ICS) Tomasz Gambin,, The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Certifying unit
Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Affiliation unit
The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)
Study subject / specialization
, Informatyka (Computer Science)
Language
(pl) Polish
Status
Finished
Defense Date
18-09-2019
Issue date (year)
2019
Internal identifier
103/19 (2696)
Reviewers
Robert Bembenik (FEIT/ICS) Robert Bembenik,, The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT) Tomasz Gambin (FEIT/ICS) Tomasz Gambin,, The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Keywords in Polish
Głębokość pokrycia, Wizualizacja, Optymalizacja, Aplikacja internetowa
Keywords in English
Depth of coverage, Visualization, Optimization, Web application
Abstract in Polish
Celem pracy było zaprojektowanie i stworzenie aplikacji internetowej do szybkiego przeglądania danych głębokości pokrycia w postaci wykresów. W pracy zostały przedstawione badania wydajnościowe różnych bibliotek wykorzystywanych do wizualizacji danych przy pomocy wykresów. Na podstawie tych badań została wybrana najszybsza biblioteka, a następnie wykorzystana w implementacji aplikacji. Ukazana została architektura stworzonej aplikacji wraz z opisem wykorzystanych narzędzi oraz technologii. Przedstawiona został część implementacji wraz z programowym interfejsem aplikacji. W tworzonej aplikacji zostało wykorzystane oprogramowanie SeQuiLa, które w ramach pracy zostało rozszerzone o możliwość analizy obszarów definiowanych w pliku bed oraz zoptymalizowane pod kątem analizy głębokości pokrycia dla okien o stałej szerokości. Cała aplikacja zaprojektowana została w sposób pozwalający na łatwą rozbudowę.
File
  • File: 1
    praca_dyp_inż_Mateusz_Wasiak.pdf
Request a WCAG compliant version
Local fields
Identyfikator pracy APD: 35872

Uniform Resource Identifier
https://repo.pw.edu.pl/info/bachelor/WUTe39ac9bb1f8c4663a67759e9b54ff624/
URN
urn:pw-repo:WUTe39ac9bb1f8c4663a67759e9b54ff624

Confirmation
Are you sure?
Report incorrect data on this page