Knowledge base: Warsaw University of Technology

Settings and your account

Back

The DNA assembler for next-generation sequencing data

Wiktor Tomasz Kuśmirek

Abstract

This study describes application 'DnaAssembler', which reconstructs DNA sequence using DNA reads from DNA sequencers. Algorithm is ready to analyze large amounts of data, it uses the relative frequency of reads to properly reconstruct repetitive DNA sequences. Presented solution was designed using C++, Python and JavaScript programming languages with libraries. Application was tested by the simulated and real data, results was compared with results produced by another programs.
Diploma type
Engineer's / Bachelor of Science
Diploma type
Engineer's thesis
Author
Wiktor Tomasz Kuśmirek (FEIT) Wiktor Tomasz Kuśmirek,, Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Title in Polish
Assembler DNA dla odczytów sekwencerów nowej generacji
Supervisor
Robert Marek Nowak (FEIT/ICS) Robert Marek Nowak,, The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Certifying unit
Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Affiliation unit
The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)
Study subject / specialization
, Informatyka (Computer Science)
Language
(pl) Polish
Status
Finished
Defense Date
16-02-2016
Issue date (year)
2016
Internal identifier
13/16 (2127)
Reviewers
Tomasz Gambin (FEIT/ICS) Tomasz Gambin,, The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT) Robert Marek Nowak (FEIT/ICS) Robert Marek Nowak,, The Institute of Computer Science (FEIT/ICS)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Keywords in Polish
kontig, asemblery DNA, sparowane końce
Keywords in English
contig, DNA assemblers, paired-end tags
Abstract in Polish
Praca opisuje aplikację ,,DnaAssembler'', która odtwarza sekwencję DNA wykorzystując odczyty z sekwencerów. Algorytm jest przygotowany do analizy dużych ilości danych, wykorzystuje on relatywną częstotliwość wystąpień odczytów do poprawnej rekonstrukcji powtarzających się sekwencji DNA. Zaprezentowane rozwiązanie zostało stworzone przy pomocy języków C++, Python, i JavaScript wraz z bibliotekami. Aplikacja była testowana na danych sztucznych i rzeczywistych, wyniki zostały porównane z wynikami innych programów.
File
Request a WCAG compliant version
Local fields
Identyfikator pracy APD: 9723

Uniform Resource Identifier
https://repo.pw.edu.pl/info/bachelor/WUT93fb91ddc229475398e941a89c116ada/
URN
urn:pw-repo:WUT93fb91ddc229475398e941a89c116ada

Confirmation
Are you sure?
Report incorrect data on this page