Knowledge base: Warsaw University of Technology

Settings and your account

Back

XNAT Commander - application for files managment on XNAT platform

Michał Żbikowski

Abstract

The purpose of this work is to develop the XNAT Commander application. This program serves for managing non-imaging files in the XNAT platform, derived from functional magnetic resonance imaging. The program code has been placed in the GitHub repository at "github.com/mzbiko/XNAT-Commander". The introduction presents a solution to the problem of file archiving that is applicable in hospitals in the form of an in-hospital PACS server. Then the XNAT platform for archiving medical data was discussed. XNAT is a database dedicated to scientific centers dealing with medical imaging. The modality of functional nuclear resonance imaging was presented in turn. This type of research for data analysis needs additional information contained in files that are non-imaging and create a problem of archiving them in the XNAT platform. Then the "Presentation" program to support functional nuclear resonance imaging was presented. The output of this program are non-image files relevant for the analysis of data from functional imaging. This program also manages patient stimulation. Non-image files pose a problem of identifying them with specific imaging. The paper discusses several methods for identifying such files. The XNAT Commander implementation uses the user identification method because it generates the fewest errors. The operation of the XNAT Commander program and mechanisms, based on which it was created, were presented. The tests of program were discussed. The program manual is included.
Diploma type
Engineer's / Bachelor of Science
Diploma type
Engineer's thesis
Author
Michał Żbikowski (FEIT/IRMT) Michał Żbikowski,, The Institute of Radioelectronics and Multimedia Technology (FEIT/IRMT)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Title in Polish
XNAT Commander - aplikacja do zarządzania plikami w platformie XNAT
Supervisor
Piotr Bogorodzki (FEIT/IRMT) Piotr Bogorodzki,, The Institute of Radioelectronics and Multimedia Technology (FEIT/IRMT)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Certifying unit
Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Affiliation unit
The Institute of Radioelectronics and Multimedia Technology (FEIT/IRMT)
Study subject / specialization
, Inżynieria Biomedyczna (Biomedical Engineering)
Language
(pl) Polish
Status
Finished
Defense Date
19-09-2019
Issue date (year)
2019
Reviewers
Piotr Bogorodzki (FEIT/IRMT) Piotr Bogorodzki,, The Institute of Radioelectronics and Multimedia Technology (FEIT/IRMT)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT) Grzegorz Bogdan (FEIT/IRMT) Grzegorz Bogdan,, The Institute of Radioelectronics and Multimedia Technology (FEIT/IRMT)Faculty of Electronics and Information Technology (FEIT)
Keywords in Polish
platforma XNAT, zarządzanie plikami nieobrazowymi, funkcjonalne obrazowanie metodami rezonansu jądrowego
Keywords in English
XNAT platform, non-imaging file management, functional nuclear resonance imaging
Abstract in Polish
Celem niniejszej pracy jest opracowanie aplikacji XNAT Commander. Program ten służy do zarządzania plikami nieobrazowymi w platformie XNAT, pochodzącymi z obrazowania funkcjonalnego metodami rezonansu magnetycznego. Kod programu został umieszczony w repozytorium GitHub pod adresem „github.com/mzbiko/XNAT-Commander”. Na wstępie przedstawiono rozwiązanie problemu archiwizacji plików, które ma zastosowanie w szpitalach w postaci wewnątrzszpitalnego serwera PACS. Następnie omówiono platformę XNAT, służącą do archiwizacji danych medycznych. XNAT jest bazą danych dedykowaną ośrodkom naukowym, zajmującym się obrazowaniem medycznym. Kolejno zaprezentowano modalność funkcjonalnego obrazowania metodami rezonansu jądrowego. Ten rodzaj badania do analizy danych potrzebuje dodatkowych informacji zawartych w plikach, które nie są obrazowe i stwarzają problem archiwizacji ich w platformie XNAT. Następnie przedstawiono program „Presentation” służący do wsparcia funkcjonalnego obrazowania metodami rezonansu jądrowego. Wyjściem tego programu są pliki nieobrazowe istotne w analizie danych pochodzących z obrazowania funkcjonalnego. Ten program również zarządza stymulacją pacjenta. Pliki nieobrazowe stwarzają problem identyfikacji ich z konkretnym obrazowaniem. W pracy omówiono kilka metod identyfikacji takich plików. W implementacji programu XNAT Commander wykorzystano metodę identyfikacji plików przez użytkownika, ponieważ generuje najmniej błędów. Kolejno przedstawiono działanie programu XNAT Commander i mechanizmy, w oparciu o które powstał. Omówiono testy, jakim został poddany. Dołączono instrukcję obsługi programu.
File
  • File: 1
    1112916-Michał_Żbikowski-XNAT_Commander.pdf
Request a WCAG compliant version
Local fields
Identyfikator pracy APD: 36000

Uniform Resource Identifier
https://repo.pw.edu.pl/info/bachelor/WUT6ca250ab7da84219ba070572f3baa52e/
URN
urn:pw-repo:WUT6ca250ab7da84219ba070572f3baa52e

Confirmation
Are you sure?
Report incorrect data on this page